目前,在藏族地區還有不少薩迦派寺院及其眾多信徒。據最新統計,整個藏族地區共有141座薩迦派寺院,其中西藏自治區境內有94座,說明薩迦派的宗派勢力及其信徒主要在今西藏自治區境內,以位於西藏日喀則薩迦縣城的薩迦寺為該派祖寺或中心寺院。

薩迦寺在歷史上有南寺和北寺之創始,現在只存南寺。南寺在本欽釋迦桑佈於1288年建造,主殿外圍築有高大的圍牆,厚2米多,高5米左右,圍牆四隅有角樓。全寺總面積達14700平方米,寺內藏有豐富的宗教文物和古籍,因而有第二敦煌之稱。現有90名住寺僧人,其中年邁老僧11人,其餘均為年輕僧侶,還有5位取得熱江巴學位的學僧。薩迦寺的組織機構是由7人組成的管理委員會,其中有一位名譽主任,三位副主任,三位委員;管委會內部又分教務組、文物組、財務組、維修小組、衛生小組、接待小組六個部門。

在研習教法儀軌方面,薩迦寺以顯密二宗為主。首先學習顯宗理論,為此寺院設立兩個班級,即初級班高級班。初級班學制六年,現有47名學員,他們主要從學習藏文文法、詩歌學、修辭學、天文歷算學、正字法、入菩薩行論等開始,最後進入全面學習佛教理論知識的階段,其間每位學員要背誦六大佛經。

高級班也是學制六年,現有15名學員,他們主要研習薩迦派的十八部大經典,其中除了薩迦班智達的《量理寶藏》之外,都是出自印度高僧之後的經論,薩迦派學者常以此為榮,認為他們的教法是正宗的佛教見地。學員完成十八部經典的研習之後,就要參加「熱江巴」學位的答辯考試。

結束顯宗理論的學習階段,即可升入密宗階段的修習。密宗階段,學員也要先研習密宗理論,即主要研習四大密宗經論:《續部總論》、《續部修證寶樹》、《喜金剛續詮釋》和《道果經》。之後,才能進入密宗修習階段,如接受密法灌頂、傳授密法儀軌等,使學僧逐步邁入宗教實踐領域。主要修煉以喜金剛的生起次第和圓滿次第為主的高深密法。

薩迦寺開展的法會活動主要有喜金剛法會、供養法會、金剛橛法會,其中喜金剛法會,在每年九月十四日舉辦,法會期間主要以舉行誦經、供養等儀式,眾僧修習喜金剛密法之儀軌;供養法會,在每年藏歷十一月二十三日至十二月一日舉辦,法會期間,以彩線、糌粑等做成供品,供養神靈,佈施鬼怪,同時僧侶既誦經又跳法舞;金剛橛法會,在每年藏歷七月八日至十八日舉辦,法會期間主要以跳法舞的形式來修供本尊金剛橛。

總之,薩迦寺不僅是薩迦派的祖寺,在薩迦派信徒乃至整個藏族信徒中有著崇高的地位,而且它又是一座具有濃郁宗教文化氛圍的藏傳佛教寺院,在國內外享有聲譽。

貢噶曲堆寺壁畫。貢噶曲堆寺位於西藏貢噶縣境內,是拉薩附近著名的薩迦派寺院之一。

另外,位於西藏山南地區貢嘎縣境內的貢嘎曲堆寺,也是一座知名度較高的薩迦派寺院。貢嘎曲堆寺是由圖敦‧貢嘎南傑於1464年創建,它當時是山南地區傳播薩迦派密法的重要場所,主要傳授貢嘎支系的密法。文革期間遭到破壞,1985年國家撥款8萬多元開始維修,目前已基本恢復。現有40名住寺僧人,其中年邁老僧4人,其餘都是年輕僧侶。貢嘎曲堆寺,已建立健全的各項法事活動,如每天早晚全寺僧人集中在大經堂誦經,藏歷一月九日至十九日舉行喜金剛法會,藏歷四月十四日舉行紀念薩班圓寂的法會,等等。

除了西藏自治區外,青海省玉樹藏族自治州和四川甘孜藏族自治州也有不少薩迦派寺院。如位於玉樹的結古寺,是一座著名的薩迦派寺院,它為薩迦派在這一地區的傳播和發展作出了巨大貢獻。另外,玉樹地區還有位於玉樹縣的仁欽楞寺、東從寺、察柔寺,以及稱多縣的土登寺、賽達寺,囊謙縣吉曲鄉的宗達寺。